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《动物和植物在家养下的变异》一书的头十章里 ，达尔文详细地描述了家养动物和栽培植物的品种和类别，并试图回答这样一个问题：某些类型的生物究竟来自或者可能来自哪种野生祖先 ，以及它们在家养状况下会得到什么样的变异。所以 ，他在第一章里详细分析了家狗和家猪，第二章是马和驴，第三章是猪 、牛 、绵羊和山羊 ，第四章是家兔 ，第五章和第六章是家鸽，第七章是家鸡 ，第八章是鸭、鹅、孔雀 、吐绶鸡 、珠鸡、金丝雀 ，以及金鱼 、蜜蜂和蚕 。第九章和第十章研究的是家栽植物：谷物 、蔬菜、果树 、观赏树和花卉 。其余各章（十一章至二十八章）具有较多的理论性质。
达尔文阐述了当时关于果实 、花、叶 、根条等的芽变知识的情况，还有达尔文仔细搜集的 ，由于嫁接而产生的有关无性杂种的事实 。他认为 ，嫁接杂种在各方面都与种子杂种相似，并认为被观察到的事实“使人们弄明白了一个极为重要的生理学上的事实 ，即产生一种新生物的要素并不完全是由雄性和雌性器官形成的 。这些要素本来就存在于现有的细胞组织中 ，它们在没有性器官的作用下也可以结合在一起，并因此产生兼有两亲体生物性状的新芽。”
十二章至十四章 ，达尔文着重强调重新出现的性状通常都要遗传。他说：“当一种新的性状产生出来的时候 ，不管它的天性怎样，一般都具有遗传性，尽管这种遗传性是暂时的 ，然而有时却表现得极为顽强 。还有比以下的情形更加不可思议的吗？即原来不是某一物种所具有的某种微小特点 ，先通过连肉眼都不能看到的微小的雄性细胞或雌性细胞传递下去，然后经过在子宫或卵巢中所进行的长久发育过程的不断变化 ，终于这一特点在后代成熟时出现 ，或者甚至象在患某些疾病时所常有的情形一样而在后代的老年期出现 。再者，由一头产乳量高的母牛的微小的卵生出一头公牛 ，这头公牛的一个细胞与一个卵结合之后 ，又产生出一头母牛，当这头母牛长大时 ，就会有很发达的乳腺 ，产生大量的 、甚至具有特殊品质的牛乳，那么还有比这一十分确实的事实更加不可思议的吗？但是 ，正如何兰得爵士所正确指出的那样 ，真正值得惊奇的问题，并不在于一种性状会遗传下来，而在于某些性状有时并不遗传下来 ”
达尔文对所谓的返祖现象或返祖性给予了很大的注意 ，所谓返祖现象 ，就是祖先所具有的性状在许多后代的身上都不表现出来，但却在相隔很远的某一后代的身上重新出现 ，因此 ，这种性状是以隐蔽形式而遗传下来的。所以，达尔文认为 ，决定遗传的力量和促使发育的力量是两种不同的力量 。当遗传的性状只遗传给最先表现出这种性状的那个性时（尽管这一性状是通过另一性遗传的） ，达尔文也注意到了只限于一性遗传这一现象的存在 。例如，某些品种的牲畜所具的的只有公牛才有的无角性状通过有角的母牛遗传下去。他还强调指出说 ，在一定的年龄中所呈现出的性状在下一代也象亲体那样在一定的年龄上（有时稍晚些）又有表现出来的倾向 。
第十五章至十八章 ，达尔文研究了杂交的过程，虽然植物通常不能自花授粉 ，实质上这里也没有一定的法则 ，相反，却有各种各样的过渡形式：“有些植物当进行自花受精时，产生充分数量的种子 ，但其实生苗比较矮小一些；有些植物当进行自花授粉时 ，产生很少的种子；有些植物不产生种子，不过其子房多少还是有所发育的；最后 ，有些植物自己的花粉和柱头彼此就象毒药般地相互发生作用 。 ”达尔文通过研究各种大量事实得出结论 ，血缘关系远的生物杂交一般是有益处的，而血缘关系近的生物交配一般是有害的（虽然有许多例外情况）。
第十三章达尔文分析了外部条件对生物变异的影响 ，他证明这种影响同选择比较起来是次要的和无足轻重的 ，但同时他也没有否认这种影响对生物所起的一定作用 。因此，关于家畜和栽培植物的书籍 ，对于达尔文来说 ，实际上已不算什么新鲜玩艺了 。这不过上他完成了原计划，即尽可能全面地和不偏不倚地分析与他的理论有关的这一领域中的各种事实。《物种起源》中举出个别例子来说明的东西 ，在这里应是研究和分析了全部事实后的结果 。
《动物和植物在家养下的变异》一书有《物种起源》中所没有的某种新的东西 ，对此当时达尔文特别重视 。这就是试图使遗传机制变得更加明显，他想找到一种能把许多他已查明的遗传事实综合起来的解释。这些遗传事实就是：返祖性或返祖现象，即远祖具有的性状的骤然出现的现象；把由于长期使用的结果而获得的性状遗传给后代的现象；通过嫁接而得出植物的杂种现象和在种子繁殖与芽繁殖时所得到的完全同样的有机体的现象；最后是产生出完全（各方面）同样的成年型态植物（尽管它们的发育各不相同 ，有的复杂 ，有的简单）的现象。
达尔文在他的著作倒数第二章中所发挥的《关于泛生论的暂定假说》中寻求这种解释 。泛生论认为物体（不仅是已发育成的机体，而且也包括正在发育中的机体）的任何一部分都能分离出特别的 ，能独立进行生殖的遗传粒子和能独立得到营养的遗传粒子——芽球 ，这些芽球聚集在性的产物中，但却能分散在生物的全身（这应用来解释用芽或压枝来进行的无性生殖的现象） ，每一芽球都能在下一代身上把已成为芽球起源的那一部分恢复起来 。
特别重要的是 ，这种假说阐明了达尔文深信不疑的后来获得的性状的遗传性。他在书中写道：“如果我们假定一种同质的胶状原生动物发生了变异并且呈现淡红色的话，那么 ，由这种原生动物分离出的微粒 ，当它长大时自然会保持同样的颜色；于是这就使我们联想到遗传的最简单型式 。同一观点完全可以引伸到构成一种高等动物的整个身体的各式各样的许多个体；分离的微粒就是我们的芽球” 。
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