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一般有三种基因检测方法：生化检测 、染色体分析和DNA分析。
1.生化检测
生化检测是通过化学手段，检测血液 、尿液、羊水或羊膜细胞样本 ，检查相关蛋白质或物质是否存在 ，确定是否存在基因缺陷 。用于诊断某种基因缺陷，这种缺陷是因某种维持身体正常功能的蛋白质不均衡导致的 ，通常是检测测试蛋白质含量 。还可用于诊断苯丙酮尿症等。
2.染色体分析
染色体分析直接检测染色体数目及结构的异常 ，而不是检查某条染色体上某个基因的突变或异常 。通常用来诊断胎儿的异常 。
常见的染色体异常是多一条染色体，检测用的细胞来自血液样本，若是胎儿 ，则通过羊膜穿刺或绒毛膜绒毛取样获得细胞。将之染色 ，让染色体凸显出来，然后用高倍显微镜观察是否有异常 。
3.DNA分析
DNA分析主要用于识刖单个基因异常引发的遗传性疾病 ，如亨廷顿病等 。DNA分析的细胞来自血液或胎儿细胞。
病理技术的分子诊断技术
基因诊断又称DNA诊断 ，是70年代末迅速发展起来的一项应用技术，目前已广泛应用于临床许多疾病的诊断 ，包括遗传性疾病的基因诊断 、肿瘤的基因诊断 、感染性疾病的基因诊断、法医学鉴定中的基因诊断、疾病易感性的基因诊断 、药物筛选和药物开发的基因诊断等 ，本文对基因诊断在临床的应用及其应用过程中存在的问题进行综述 。
与其他诊断方法相比，基因诊断具有突出的优点：一是能从基因水平彻底揭示疾病病因及发病机理；二是可进行症状前诊断 ，能显著提早产前诊断的时间；三是取材少 ，来源广，微量标本即可进行诊断；四是可快速检测不易在体外培养（如艾滋病病毒 、各种肝炎病毒等）和不能再实验室安全培养的病原体 。因此 ，基因诊断迅速在临床诊断领域特别在遗传病研究领域得到了较为广泛的应用。 1.基因诊断在临床的应用 1.1遗传性疾病的基因诊断：目前已发现的人类遗传性疾病达数千种之多 ，分为单基因缺陷造成的遗传病（包括显性遗传、隐性遗传 、X-染色体连锁遗传病等） 、多基因缺陷导致的复杂因素遗传病以及染色体数目异常的遗传病。随着对多种遗传病致病基因和突变类型以及许多可用于基因连锁分析的遗传标志的澄清，再加上基因诊断方法学的不断改进和更新，使得基因诊断被广泛地应用于遗传病的诊断中 。目前遗传病基因诊断所取得的成绩最为显著和突出 。地中海贫血是一种常见的严重危害的遗传性血液病。Drobyshev等用10聚体的寡核苷酸微集芯片 ，成功检测β-地中海贫血患者红细胞中β-珠蛋白基因中的3个突变位点[1] 。血友病B是凝血因子Ⅸ基因缺陷引起的一种X染色体连锁隐性遗传病 ，关节腔和肌肉出血是严重病例的特征性表现 。目前只能对下列遗传病进行基因诊断：已知特定基因位点突变或缺失的单基因病；已知与特定突变基因突变处于连锁不平衡的DNA标记RFLP；检查癌细胞染色体重排；新生儿死亡一击基因已被克隆的或有DNA连锁标记的遗传性酶病[2]。 1.2肿瘤的基因诊断：肿瘤的形成是遗传因素与环境因素相互作用的结果 。癌基因、抑癌基因及其产物作为肿瘤标志物在肿瘤诊断，检测肿瘤复发与转移 ，判断疗效和预后以及人群普查等方面都有较大的实用价值 。通过检测癌基因 、抑癌基因中发生的基因突变有助于肿瘤的早期诊断。抑癌基因p53是人类肿瘤中最常见的突变基因 ，约50%以上的肿瘤都存在该基因的突变，通过将p53基因外显子2-11区域内所有突变位点的突变探针以及对应的正常序列探针集成在一块芯片上 ，制成p53基因芯片 ，为肿瘤的早期诊断 、分类提供一条新途径 。SPLUNCL蛋白、p16基因 、p27基因等可以作为鼻咽癌的诊断标志物，用于鼻咽癌的早期诊断[3] 。 1.3感染性疾病的基因诊断：采用形态学 、生物化学货血清学诊断细菌、病毒 、寄生虫和真菌等感染性疾病 ，有时存在灵敏度低 、特异性差及速度慢等不足之处 ，基因诊断技术可以克服这些不足，它既能检出正在生长的病原体 ，也能检出潜伏的病原体；既能确定既往感染 ，也能确定现行感染。 1.4法医学鉴定中的基因诊断：主要是针对人类DNA遗传差异进行个体识别和亲子鉴定 。其中最常用的基因诊断技术是DNA指纹技术、扩增片段长度多态性分析技术以及检测基因组中短串联重复序列遗传特征的PCR-STR技术和检测线粒体DNA的PCR-mtDNA技术 。 疾病易感性的基因诊断：基因诊断在判断个体对某种重大疾病的易感性方面起着重要作用。如人类白细胞抗原复合体的多态性与一些疾病的遗传易感性有关。 1.5器官移植组织配型中的基因诊断：器官移植的主要难题时如何解决机体对移植物的排斥反应 。基因诊断技术能够分析和显示基因型，更好地完成组织配型，从而有利于提高器官移植的成功率[4] 。 1.6药物筛选和药物开发中的基因诊断：由于芯片技术具有高通量、规模 、行性等特点 ，可以进行新药的筛选 ，尤其在对中药成分的真伪鉴定及有效成分的筛选 、理学研究、化学药物的合成等方面具有重要的药化作用。且用基因芯片作大规模的筛选研究可以省略大量的动物实验，缩短药物筛选所用时间 。 1.7胚胎植入前遗传学诊断（PGD）：GPD是体外获取卵子或植入前胚胎 ，经极体或卵裂球活检 ，检测胚胎的染色体和基因，将无病胚胎植入母体子宫 ，以获取正常子代的技术 ，是一项实现诊断时机前移 、避免选择性流产 、可应用于不育患者并能达到源头阻断遗传病传递的积极优生技术 。目前在我国，该项目开展十分有限 ，总体处于起步阶段。使用到的技术包括单个卵裂球荧光原位杂交、多色/多重FISH等基于单细胞的染色体分析技术；单细胞巢式/多重巢式PCR等基于单细胞的基因诊断技术；全基因扩增技术等[5] 。 2.基因诊断在临床应用存在的问题 2.1基因诊断中的伦理问题：目前使用基因诊断方法所测得的结果是否可靠？被诊断为基因缺陷阳性的人如何得到法律保障 ，使他们不受人寿保险 、招聘单位和社会的歧视？等等，目前推广使用基因诊断方法是否合适还值得商榷 。某些遗传疾病通过基因诊断技术虽然可以明确病因 ，但是 ，若不能给予有效治疗，这种基因诊断对患者自身的生活将可能意味着负担和麻烦。基因诊断可能导致新的种族歧视并最终使纳粹的人种改良企图死灰复燃[6] 。 2.2基因诊断技术的标准化问题：基因诊断技术的发展历史较短，有的问世只有数年 ，最多也就20余年 ，故目前尚缺乏标准化的操作规程和质量认证体系，各研究机构之间 、各医疗机构的实验室之间尚存在方法不统一 ，质量难保证的问题[7] 。 综上所述 ，基因诊断与传统方法相比，具有更灵敏、准确 、快捷的特点 ，在临床应用中具有其他诊断方法不可替代的地位 ，其未来的发展方向是发挥其在疾病预测 、预防和个体化治疗中的作用；同时必须关注基因诊断在医学伦理和生物安全问题，并加强基因诊断技术的质量控制。
基因诊断方法与传统的诊断方法相比 ，有着显著的优越性 ，它以基因的结构异常或表达异常为切入点，而不是从疾病的表型开始 ，因此往往在疾病出现之前就可作出诊断 ，为疾病的预防和早期及时治疗赢得了时间 。另外，遗传病基因变异在全身各处细胞中均能一致体现，诊断取材极为方便 ，血液细胞及羊水脱落细胞等均可作为诊断材料 ，而不需要对某一特殊的组织或器官进行检测 。由于以上这些优点，基因诊断从发展伊始就受到了人们的高度重视和普遍欢迎 ，已应用于许多临床疾病的诊断。
1 基因诊断在感染性疾病中的应用
基因诊断具有高度的敏感性和特异性 ，且简便、快捷，因此在病毒 、细菌 、支原体、衣原体、立克次体及寄生虫感染诊断中得到了广泛应用。（1）人乳头瘤病毒的检测:HPV（双链DNA病毒）难以用传统病毒培养和血清学技术检测 ，用核酸杂交 、PCR等基因诊断方法则可迅速准确地检出HPV感染并同时进行分型 。（2）肝炎病毒的检测:HBV（乙型肝炎病毒）的血清学检测方法已广泛地应用于临床 ，但其测定的只是病毒的抗原成分和机体对HBV抗原的反应，基因诊断则可直接检测病毒本身 ，有其独特的优越性 。首先 ，它高度敏感，可在血清学方法阳性之前就获得诊断 ，这在献血员的筛选中尤为重要 ，基因诊断方法可将HBV 、HCV（丙型肝炎病毒）、HIV（人类免疫缺陷病毒）的窗口期分别由血清学方法60 、70 、40天缩短到49、11和15天，在防止输血后肝炎的发生中有着重大的意义。其次，基因诊断可对患者血中的病原体定量检测 ，对临床评价抗病毒治疗效果 ，指导用药，明确病毒复制状态及传染性有重要价值 。如我科引进的定量PCR仪 ，应用实时在线检测反应管中的荧光信号变化进行病原体DNA的定量 ，结果更为准确可靠，产物检测始终在密闭状态下进行 ，有效地解决了产物污染这一难题 。基因诊断还可检出病毒变异或因机体免疫状态异常等原因不能测出相应抗原和抗体的病毒感染。（3）结核杆菌的检测:结核病是长期以来严重威胁人类 ，特别是发展中国家人民生命健康的常见病，传统的实验室诊断依赖痰涂片镜检和结核杆菌的培养与鉴定 ，但阳性率不高 ，所需时间长 。目前应用PCR技术建立诊断方法，敏感度可达到少至100个细菌的水平 ，且应用针对在结核分枝杆菌中拷贝存在的特异性重复序列引物 ，既使菌株发生变异，也能准确检出 。（4）基因诊断尚可用于HIV 、人类巨细胞病毒（HCMV） 、EB病毒、淋病奈瑟氏菌 、幽门螺杆菌 、脑膜炎奈瑟氏菌、螺旋体及疟原虫 、弓形虫等的检测，无不具有灵敏 、特异 ，能反应现行感染的优点 ［1］ 。
2 基因诊断在遗传病中的应用 ［2］
基因诊断本身是在分子遗传学的基础上发展起来的 ，在遗传病的诊断方面成绩最为突出，也最有发展前途 ，对许多已明确致病基因及其突变类型的遗传病诊断效果良好 。即使不明确致病基因 ，也可利用遗传标志进行连锁分析来 诊断某些遗传病 。现在已实现基因诊断的遗传病已不下百种，这里仅举几例加以说明。（1）血红蛋白病的基因诊断:大多数α地中海贫血是由于α珠蛋白基因缺失所致 ，应用DNA限制性内切酶酶谱分析法 ，或用PCR检测α珠蛋白基因有无缺失及其mRNA水平的方法进行诊断 。（2）苯丙酮尿症的诊断:苯丙酮尿症是一种常见的常染色体隐性遗传病，其病因的分子基础是苯丙氨酸羟化酶基因点突变 ，可针对突变的类型应用PCR方法与RFLP（限制片段长度的多态性分析）联合检测 。（3）杜氏肌营养不良症:约65%的杜氏肌营养不良症患者有X染色体Xp 21.22-21.3 区抗肌萎缩蛋白基因内部DNA片段的缺失和重复 ，由此导致移码突变，用针对Xp 21 区各不同部分的多种DNA探针 ，内切酶酶谱分析 ，多重PCR等方法均可诊断出抗肌萎缩蛋白基因的异常。
3 基因诊断在肿瘤学中的应用
肿瘤是一类多基因病，其发展过程复杂，临床表现多样 ，涉及到多个基因的变化并与多种因素有关 ，因而相对于感染性疾病及单基因遗传病来说，肿瘤的基因诊断难度更大得多。但肿瘤的发生和发展从根本上离不开基因的变化 ，所以基因诊断在肿瘤疾病中也会有广阔的前景 。其重要表现有以下几方面 。（1）肿瘤的早期诊断及鉴别诊断。（2）肿瘤的分级、分期及预后的判断 。（3）微小病灶、转移灶及血中残留癌细胞的识别检测 。（4）肿瘤治疗效果的评价。另外检查癌基因的变化不但有助于对肿瘤的诊断和预后 ，在判断手术中肿瘤切除是否彻底 、有无周围淋巴结转移方面也很有优势 。在白血病诊断方面，PCR阳性诊断结果可比传统的细胞学方法及临床症状出现早5～8个月 ，可检出1×10 6 个有核细胞中的一个白血病细胞 ，在白血病的早期诊断 、早期治疗及临床化疗后残留白血病的监测方面有着其它方法无可比拟的特异性和敏感性 。基因诊断不是万能的，它只是现代检验医学的非常重要、非常有前景的一种手段。纵观目前基因诊断的临床应用现状 ，除了病原体的PCR检测得到了一定程度的应用外 ，其它领域的应用非常有限，即使在条件较好的三级甲等医院开展的项目也不多 。
通过从分子水平上完成DNA 、RNA或蛋白质检测 ，从而对疾病作出诊断的方法称为分子诊断技术 ，常用的方法有基因诊断和肿瘤标志物检测 。
1.基因诊断 用分子生物学的理论和技术，通过直接探查基因的存在状态或缺陷，从基因结构 、定位、复制 、转录或翻译水平分析基因的功能 ，从而对人体状态与疾病作出诊断的方法。基因诊断不仅能对某些疾病作出确切的诊断 ，如确定某些遗传病，也能确定基因与疾病有关联的状态 ，如对疾病的易感性 、发病类型和阶段的确定等 。基因诊断的主要技术有核酸分子杂交（原位杂交、southern杂交 、Northern杂交 、斑点杂交等）、PCR和生物芯片技术 。
2.肿瘤标志物检测 是指肿瘤细胞和组织由于相关基因或异常结构的相关基因的表达所产生的蛋白质和生物活性物质 ，在正常组织中不产生或产量甚微，而在肿瘤病人组织 、体液和排泄物中可检测到。此外 ，在病人机体中 ，由于肿瘤组织浸润正常组织，引起机体免疫功能和代谢异常 ，产生一些生物活性物质和因子 ，虽然这些物质和因子特异性低，但与肿瘤发生和发展有关 ，也可用于肿瘤辅助诊断。肿瘤标志物分别有：原位性肿瘤相关物质 、异位性肿瘤相关物质、胎盘和胎儿性肿瘤相关物质、病毒性肿瘤相关物质 ，癌基因 、抑癌基因及其产物等 。肿瘤标志物测定方法包括：生物化学法 、免疫组化法、单克隆抗体法 。
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